性功能障碍分为功能性功能障碍和器质性功能障碍两类。
一、功能障碍：
生殖系统、神经系统和内分泌系统没有器质性病理变化。性功能障碍的原因是性相关系统和环节功能障碍。
例如：大脑皮质功能障碍、内分泌功能障碍、失衡等。简单的比喻是"电脑"并没有"硬件损坏"，"死机或运行不畅"是"操作系统"或"某些软件"有问题。性功能障碍疾病有什么区别从这两方面分析性功能障碍的区别在学科划分上，功能障碍属于心理学研究范畴，功能障碍是心理行为主义学派的一个分支。
二、器质性性功能障碍:
性功能障碍是由生殖系统、神经系统和内分泌系统引起的器质性疾病。也就是说，"电脑"的"硬件"有损坏，要做"硬件"修复甚至更换。修复人类"硬件"则比较困难，这也是器质性性功能障碍治疗比较困难的原因。器质性性功能障碍属于临床医学范畴，需要到正规医院的专科进行检查治疗。
临床上，功能性功能障碍占90%以上。10%以下的患者患有器质性功能障碍。
