现代医学对于非淋菌性尿道炎的定义为患者虽然患上了尿道炎，但是在检查中寻找不到淋球菌的情况，便可以定义为非淋菌性尿道炎。现在治疗此种疾病采用的主要是药物治疗，其中西药和中药都有相应的治疗药物，可以根据自身选择正确的药物进行治疗。
因为非淋菌性尿道炎主要由衣原体或支原体感染所造成，所以它可以采用西药进行治疗。针对衣原体，可以采用利福平、磺胺等药物进行治疗；而针对支原体，则可以采用新霉素，壮观霉素进行治疗。喹诺酮类此种药物，则同时可以针对衣原体与支原体同时治疗，效果比较好，针对淋菌性尿道炎也有很好的效果。
而通过中药治疗非淋菌性尿道炎，因为引起此病症主要是由于金黄色葡萄球菌而引起的，那么则可以采用金银花、石伟、川木通、灯心草等多种中药进行治疗，其对金黄色葡萄球菌有强大的治疗效果，能有效杀灭此细菌。
男性在患上非淋菌性尿道炎时，应当及时的去医院检查并选择治疗，不应拖到病情严重时才去治疗。同时男性在平时应当注意个人的卫生，因为非淋菌性尿道炎也是可以通过性行为传播的，所以在性生活时同样要保证卫生。男性治愈后应当多吃蔬菜与水果，多锻炼身体，多保证下体清洁，那么可以防止其复发。
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