SATB2相关综合征患者人群中，通常有轻度和重度智力障碍，患者说话的能力较弱或者根本不存在。再婴儿生长发育过程中，也会与正常孩子有区别，运动技能的发展也会推迟。在行为问题上，会表现出自闭症的相关行为，如重复做一个动作。
SATB2相关综合征的遗传学
SATB2相关综合征是由影响SATB2基因的遗传物质发生变化所引起的，包括SATB2基因本身内的突变和大片段2号染色体DNA遗传物质的缺失，如删除了SATB2基因和其它邻近的基因。SATB2基因提供了大脑和头面部结构的蛋白质的指令，SATB2蛋白通过协调地控制多个基因的活性来指导生长和发育。
根据相关数据表明，SATB2基因的遗传变化减少了功能性SATB2蛋白的数量。该蛋白的降低可能会损害脑和颅面结构的正常发育，进而导致智力障碍、言语延迟、颅面畸形和SATB2相关综合征的其他特征。
SATB2相关综合征的遗传性
SATB2相关综合征通常情况下是不会被遗传的，该疾病是由于生殖细胞的形成过程中或在胚胎发育早期发生的基因突变所造成的，患病的个体在家庭中并没有病史。
